Cuzco sa za administratívne centrum nehodilo. Hlavný iniciátor dobytia Peru a guvernér oblastí Francisco Pizarro sa preto rozhodol vybudovať novú metropolu. 18. januára 1535 - pred 470. rokmi - položili základný kameň Limy, ktorá sa na dve storočia stala najvýznamnejším hospodárskym a kultúrnym centrom Južnej Ameriky.
Dobyť Inskú ríšu sa podarilo Pizarrovej výprave len niečo vyše roka predtým. Napriek malému počtu vojakov to Španieli vďaka technickej prevahe a koňom dokázali rýchlo a jednoducho. K ich úspechu prispel aj fakt, že Atahualpa iba niekoľko týždňov pred ich príchodom porazil v dlhoročnom zápase o trón svojho brata Huáscara. Zvyšky Indiánov sa utiahli do hôr.
V horách ďaleko vo vnútrozemí ležalo aj Cuzco. Pre Španielov nebolo svojou takmer tri a poltisícovou nadmorskou výškou príjemným miestom. V záujme rýchlejšieho spojenia s materskou krajinou potrebovali, aby centrum ich nových dŕžav bolo v blízkosti oceánu. Pizarro sa preto rozhodol prenechať vládu v starobylom inskom meste svojim dvom bratom a odišiel na západ.
Tu si na úrodných pobrežných nížinách pri ústí rieky Rimac vyhliadol miesto na budúcu metropolu. Odložil meč a pustil sa do plánovania a budovania nového hlavného mesta. Pomenoval ho Ciudad de los Reyes - Mesto kráľov. Názov Lima sa zaužíval až neskôr.
Z rastu svojho "dieťaťa" sa Pizarro dlho netešil. Jeho verný druh Diego de Almagro bol nespokojný so svojím podielom na koristi. Na jemu pridelených územiach totiž našiel iba málo zlata. Vzbúril sa proti guvernérovi.
Pizarrovi bratia Almagra porazili a popravili. Jeho stúpenci však v Peru zostali. V roku 1541 bodol jeden z nich Pizarra nožom do krku v jeho paláci v Lime. Konkistador padol na dlážku a podľa svedkov stihol na nej ešte pred smrťou urobiť kríž zo svojej krvi, ktorý pobozkal.
V roku 1543 sa Lima stala hlavným mestom novoutvoreného kráľovstva Peru. Až do roku 1739, keď vzniklo na území dnešnej Kolumbie kráľovstvo Nová Granada, bola metropolou všetkých juhoamerických španielskych teritórií.
Piatym miestodržiteľom v Lime sa stal v roku 1569 Francisco de Toledo. Počas 14 rokov svojej vlády, ktorá sa vyznačovala ešte väčšou krutosťou ako Pizarrova, vybudoval v Peru veľmi efektívny systém. Osvedčil sa počas nasledujúcich dvoch storočí. Kým najvyššie funkcie zostávali vyhradené pre Španielov, na nižšie stupne administratívy vymenovával domorodých úradníkov, ktorí riešili každodenné problémy obyvateľstva.
V roku 1571 porazil de Toledo posledný inský odpor pod vedením Tupaca Amarua, ktorého dal popraviť a jeho rodinu z Peru vyhostil. Vydal množstvo zákonov, ktoré sa týkali Indiánov. Trestal manželstvá pokrstených domorodcov s neveriacimi, zakázal im používať priezviská odvodené od názvov vtákov, zvierat či riek, ktoré boli u nich bežné. Staral sa však aj o ich vzdelávanie.
Už krátko po svojom založení začala Lima konkurovať aj hlavnému mestu Nového Španielska Méxicu. V roku 1551 tu založili univerzitu San Marcos, prvú vysokú školu na americkom kontinente. V roku 1567 prišli do mesta jezuiti. Začali tlačiť knihy a budovať školy. Pribúdali kostoly a paláce.
V roku 1746 zničilo mesto zemetrasenie. Stáť zostalo len 20 domov. Bolo ho treba znovu vybudovať. V tomto období získala Lima svoju dnešnú podobu so širokými ulicami, obrovskými námestiami, množstvom barokových chrámov a palácov, ktoré sú súčasťou svetového dedičstva UNESCO.
Ďalší úder postihol Limu, vtedy už hlavné mesto nezávislého Peru, v roku 1881. Po prehratej vojne o pohraničné oblasti so susedným Čile bola metropola tri roky okupovaná. Čiľania mesto vydrancovali. Zničili mnoho vzácnych kníh a rukopisov z limskej národnej knižnice.
Dnes je Lima veľkomestom s takmer 7 miliónmi obyvateľov, v ktorom sa miešajú rôzne rasy a kultúry. Tak ako pri svojom založení ostáva naďalej mestom dvoch tvárí. Prvou sú nádherné paláce, múzeá a galérie starého mesta. Ostro s nimi kontrastujú chudobné štvrte v okrajových častiach, ktoré rastú čoraz rýchlejšie a žije v nich polovica obyvateľov hlavného mesta Peru.
